Parmi toutes les œuvres de J. S. Bach données par le Chœur de Saint-Guillaume, quatre chefs d’œuvre marquent particulièrement son répertoire : la Passion selon saint Jean et la Passion selon saint Matthieu, données en alternance chaque année depuis 1894 au moment de la Semaine sainte, l’Oratorio de Noël présenté pendant la période de l’Avent et de la Nativité et enfin la Messe en Si mineur donnée à l’occasion des grands événements du chœur.
Le 5 février 1898, alors que le chœur a considérablement développé ses effectifs et son niveau de technicité musicale, Ernest Münch donne pour la première fois ce sommet de la musique instrumentale et vocale de J.S. Bach. A cette occasion, c’est Eugène Münch, frère d’Ernest et organiste à l’église Saint-Etienne de Mulhouse, qui tient l’orgue. Après la disparition prématurée d’Eugène Münch en septembre 1898, c’est son élève Albert Schweitzer, fidèle membre et répétiteur du Chœur de Saint-Guillaume, qui accompagne la deuxième Messe en Si donnée en 1905 pour le 20 ème anniversaire du chœur.
Ernest Münch, chef du chœur de Saint-Guillaume de 1885 à 1924, la dirigera cinq fois, notamment pour les 20 e et 30 e anniversaires. Son deuxième fils, Charles Münch, premier violon de l’Orchestre du Gewandhaus de Leipzig et futur chef de l’Orchestre Symphonique de Boston puis de l’Orchestre de Paris, accompagnera la Messe en Si au violon en 1920, 1921 et 1924. Son frère aîné, Fritz Münch, chef du chœur de 1924 à 1962, la dirigera à dix reprises, notamment pour les 50 e et 70 e anniversaires (1935 et 1955). Elle sera également chantée, en juin 1928, en clôture des concerts donnés à la mémoire d’Ernest Münch.
Cette œuvre accompagne également les grands événements de la paroisse Saint-Guillaume, ainsi la
bénédiction des cloches en 1931 est accompagnée du Gloria de la Messe en Si. En janvier 1954, après
d’importants travaux de consolidation de l’église, la Messe en Si est à nouveau donnée pour sa réouverture.
Le chœur fait enregistrer l’œuvre intégrale lors du festival de Strasbourg, le 1 er juin 1958, sur un disque
Decca, témoignage historique de l’interprétation de cette Messe en Si. Plus récemment, l’interprétation
historiquement informée réintroduit l’usage d’instruments anciens et de techniques de jeu d’époque. Cette dynamique est notamment portée par Gustav Leonhardt, Nikolaus Harnoncourt, Philippe Herreweghe ou le maître du violon baroque Sigiswald Kuijken, auprès duquel l’ensemble instrumental du chœur, le Bach Collegium Strasbourg Ortenau, se perfectionne régulièrement.
La Messe en Si, intimement liée à l’histoire du chœur et à la famille Münch, inspire également les chefs qui lui succèdent. Le professeur d’orgue au conservatoire André Stricker, chef du chœur de 1962 à 1967, la dirige en 1965, pour le 80 e anniversaire du chœur, accompagné au clavecin par Michel Chapuis. René
Matter, directeur du conservatoire de Colmar et chef du chœur de 1967 à 1988, la donne en 1985 pour le
100 e anniversaire du Chœur et le 300 e anniversaire de la naissance de J. S. Bach, puis à nouveau en 1986.
Erwin List, professeur à l’Institut de musicologie de Strasbourg et chef du chœur de 1988 à 2013, la dirige en l’an 2000 pour le 250 e anniversaire de la mort de J. S. Bach, puis en 2001 et en 2010. Enfin, le Chœur de Saint-Guillaume redonne la Messe en Si en 2013 dans le cadre d’un projet transfrontalier.
Pour le 340è anniversaire de la naissance de Bach et le 140è anniversaire du Chœur de Saint-Guillaume, ce chef d’œuvre est donné pour la 24è fois et 127 ans après la première audition intégrale dans cette même église, sous la direction d’Etienne Ferrer.
| Année | Occasion | |
| 1898 | Première Messe en Si mineur du chœur | Ernest Münch (direction) Eugène Münch (orgue) |
| 1905 | 20è anniversaire du chœur | Ernest Münch (direction) Albert Schweitzer (orgue) |
| 1915 | 30è anniversaire | Ernest Münch (direction) |
| 1928 | Concerts à la mémoire d’Ernest Münch | |
| 1935 | 50è anniversaire du chœur | Fritz Münch (direction) |
| 1954 | Réouverture de l’église Saint-Guillaume | |
| 1955 | 70è anniversaire du chœur | Fritz Münch (direction) |
| 1958 | Enregistrement pour Decca | |
| 1965 | 80è anniversaire du chœur | André Stricker (direction) Michel Chapuis (clavecin) |
| 1985 | 100è anniversaire du chœur | René Matter (direction) |
| 2000 | 250è anniversaire de la mort de Bach | Erwin List (direction) |
| 2013 | Projet transfrontalier (dernière exécution par le Chœur de Saint-Guillaume) |